技术介绍 | 宏病毒组学-技术前沿-资讯-生物在线

技术介绍 | 宏病毒组学

作者:上海阿趣生物科技有限公司 2021-09-02T15:58 (访问量:6401)

宏病毒组学(Viral Metagenomics)是宏基因组学的一个分支,是在宏基因组学概念的基础上,结合病毒自身的特点,如应用特殊方法把特定环境中所有病毒与其他微生物分开,然后提取的病毒核酸,用高通量技术进行病毒核酸测序(VLPmetagenomes),也可以不进行病毒与微生物分离并提取核酸进行测序(Bulk metagenomes),最后将测序结果与现有的核酸文库进行比对,并运用软件分析处理后,最终得到研究样品中病毒群落的组成信息。

技术路线



技术参数

样本要求

粪便:3-5g/sample

DNA:总量≥1μg、浓度≥100ng/μL


检测平台

测序平台:Illumina Nova Seq6000

测序策略:PE150

测序深度:10g/20G


常规项目周期

实验检测:20个自然日

数据分析:50个自然日

应用方向

1、噬菌体治疗

2、敏化抗生素抗性细菌

3、促发机体免疫从而保护宿主免受病毒感染等

案例分析


Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders

重度抑郁症疾病的宏基因组、宏病毒组和代谢组学研究

重度抑郁症(MDD)是一种常见的使人衰弱的精神障碍,与肠道微生物组密切相关,但人们对于其潜在机制,肠道病毒、肠道菌群和代谢组的变化以及它们之间是如何作用从而影响MDD知之甚少。本文使用全基因组鸟枪法的宏基因组学技术和基于GC-MS的非靶向代谢组学方法,对来自MDD和健康对照(HCs)患者的311分粪便样本进行检测,通过分析确定了有明显差异的 3 个噬菌体、47 个菌和 50 个代谢物,通过Random Forest建模,选出了对MDD和HCs有一定区分能力的潜在标志物组合,为深入了解肠道生态系统在MDD的作用及潜在机制研究提供了有力的依据。

图1 差异病毒、细菌和代谢物共发生网络图1 差异病毒、细菌和代谢物共发生网络

图2 随机森林模型图2 随机森林模型


参考文献:Yang J, Zheng P, Li Y, etal.Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders. Sci Adv. 2020 Dec 2;6(49):eaba8555.


上海阿趣生物科技有限公司 商家主页

地 址: 嘉定区新培路51号焦点梦想园5层

联系人: 高小姐

电 话: 400-664-9912

传 真:

Email:marketing@biotree.cn

相关咨询

New Phytol.(IF=8.1)|安农大宋传奎教授团队最新研究刷新认知!甜菜碱竟能“解锁”茶树抗寒密码? (2025-07-30T00:00 浏览数:80)

IF=6.2!中科院茶叶研究所林智团队突破性成果:非靶向特定修饰代谢组学首次系统解析植物糖基化代谢物 (暂无发布时间 浏览数:99)

会议预告 | 百趣生物诚邀您参加2025中国植物生理与植物分子生物学学会 (暂无发布时间 浏览数:2546)

Metabolism (IF=11.9)|中国药科大学团队:线粒体“泄漏”为脑缺血帮凶,揭示神经酰胺介导的mtDNA炎症机制! (暂无发布时间 浏览数:3242)

Food Res Int. (IF=8.0)|合工大徐宝才教授团队破解细胞级抗衰密码:家禽血“变身”超级抗氧化剂 (暂无发布时间 浏览数:2916)

Food Chem. (IF=9.8)重磅发文|上海农科院团队揭示黄桃从“青草味”到“浓郁果香”的风味转化机制 (暂无发布时间 浏览数:4026)

IF=9.2!肠乳杆菌在他汀治疗中的屏障保护与抗纤维化机制 (暂无发布时间 浏览数:5231)

磁珠富集的前分析「陷阱」:血细胞、离心与抗凝剂对血浆蛋白组学的多重干扰 (暂无发布时间 浏览数:5364)

JACS(IF=14.4)|复旦陆豪杰教授团队攻克Tn抗原检测难题:一步酶促策略如何实现糖基化位点的精准Mapping? (暂无发布时间 浏览数:5139)

nature aging(IF=17.0)|浙大黄河教授团队解码造血干细胞 “衰老密码”:代谢图谱锁定尿苷并揭示功能逆转新机制 (暂无发布时间 浏览数:5298)

ADVERTISEMENT